El 8 de diciembre de 1981, el Batallón Atlácatl de La Fuerza Armada de El Salvador realizó una operación en el norte del Departamento de Morazán, iniciando en Arambala, donde se registraron las primeras ocho ejecuciones. Dos días después, el 10 de diciembre, capturaron y privaron de libertad a numerosas personas de la zona.

A partir del 11 de diciembre, estas acciones desencadenaron en una serie de masacres sucesivas en los poblados de El Mozote, Ranchería, Los Toriles, La Joya, Jocote Amarillo y caserío Pinalito, así como en el cantón Cerro Pando y la zona de Cerro Ortiz. Cerca de mil personas fueron asesinadas, casi la mitad de ellas menores de edad. En su momento no hubo registro de las víctimas y la mayoría de sobrevivientes se vieron obligados a desplazarse internamente y hacia Honduras. Estos hechos fueron ejemplo de los brutales ataques que sufrió la población civil por parte del ejército durante el conflicto armado salvadoreño.

Las primeras exhumaciones y toma de testimonios por parte del Estado ocurrieron más de 10 años después de las masacres y tras una larga lucha de las víctimas sobrevivientes. Este caso llegó ante el Sistema Interamericano de Derechos Humanos y en el año 2012, la Corte Interamericana de Derechos Humanos (Corte IDH) emitió una sentencia en la que encuentra al Estado salvadoreño responsable de las masacres y le ordena investigar los hechos, identificar y juzgar a los responsables. A diez años de emitida la sentencia, el cumplimiento pleno de esta medida está pendiente y a la fecha no existen personas declaradas responsables por los graves crímenes cometidos.

El Mozote representa el asesinato masivo más grande conocido por la Corte IDH y aunque se han visto avances en el proceso penal interno, más de 40 años de ocurridas la masacre, el Estado salvadoreño continúa obstaculizando el acceso a la justicia para las víctimas de estas graves violaciones a los derechos humanos y para la justicia transicional en El Salvador.